A Kutatási Programok Intézete belső pályázati rendszerben (KPIOR) szervezi és koordinálja az erdélyi magyar magánegyetemi hálózat keretében folyó tudományos kutatási programokat és a doktori ösztöndíj-támogatásokat, figyelembe véve az egyetemek stratégiai prioritásait.
A KPIOR elektronikus adatbázisként is szolgál, amely nyilvántartja az egyetemek oktatóinak tudományos teljesítményeit (publikációk, konferenciák, kiállítások, szabadalmak stb.)
Az Intézet tevékenységét az alábbi programokba szervezve fejti ki: